《谜之彼女X》是属于校园恋爱喜剧作品，故事的男主角椿明本是一名普通的都立风见台高校2年生，但自从一位充满了谜的转校生卜部美琴到来的时候，椿明的校园生活也变得不再普通了卜部美琴是一名并不会进行社交活动的孩子，她的兴趣是在上下课间的小休睡觉但有一天，椿明却在她睡觉中叫醒了她，并不小心地舔了她的口水，而美琴也因此而喜欢上了椿明！之后，椿明便开始了各种约会，每当椿明与美琴在一起，他便会越发现美琴的各种谜团，例如她的另一兴趣就是随身带著剪刀，剪下任何东西