故事主轴延续海洋航空815班机坠毁在荒岛上后的44天，焦点放在生还者和其他人(the Others)的冲突成长，以及科学与信仰之间的冲突于神秘事物的解决、新问题产生同时，机尾部份的生还者和岛上其他居民等新角色陆续登场对于生还者们的过去描述也更加深入随着探查舱口，发现了“达摩计划”(DHARMA)和其背后的支助单位“汉索基金会”（The Hanso Foundation）的详细情形神秘的“其他人”展开行动，其中一个生还者背叛了大家，也揭发飞机失事的原因。