为了得到从伽帕尼姆矿石采收的超级能源・光子力，企图征服世界的地狱博士开始攻击该光子力研究所主人公兜甲儿搭乘超级机器人・魔神Z与其展开战斗地狱博士的部下阿修罗男爵、伯罗肯伯爵操控从巴多斯岛挖掘出来的机械兽挡在了甲儿的面前，甲儿搭乘祖父・十蔵制作的用最强金属・超合金Z制作的魔神Z一同投身激战中。然而，这个战争隐藏着的是兜一族和Dr.赫鲁的过去因缘、米克内文明・巴多斯岛之谜和魔神Z的秘密，谜团交错的故事即将拉开序幕…