故事的舞台设定在公历2034年，也就是动画版GIG难民事件结束的两年后增员20人的新重组的公安九课又再临危受命，调查以梵文刺青为标志的恐怖分子的连续自杀事件以及机场人质劫持事件从疑犯口中得知，潜藏于事件背后的幕后黑手，是一个被称为傀儡回的超高级黑客巴特在一次暗中调查时，与久违两年的少佐草薙素子不期而遇，然而重逢十分短暂，素子神秘的行动，以及那句