在《神奇动物在那里》第一部的结尾，纽特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩饰）协助美国魔法国会，将强大的黑巫师盖勒特·格林德沃（约翰尼·德普饰）抓捕归案但格林德沃不久便兑现狂言成功越狱，并开始纠集信徒，着手实现他们的邪恶目的：让纯血统的巫师成为统治阶层，镇压一切非魔法生物为挫败格林德沃的阴谋，阿不思·邓布利多（裘德·洛饰）向昔日的学生纽特·斯卡曼德寻求帮助纽特欣然允诺，却没有意识到，他将踏上的会是一段充满艰险的未来征途此时的魔法世界面临空前的分裂乱局，阶层鸿沟日益加深，爱与忠诚备受考验，至亲好友也可能反目成仇……