今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛神海岛上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个神海岛传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地兰和园子在海底宫殿附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查