暗之书事件的10年后，踏入19岁的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃在此当中，出现了新发现的太古遗产圣遗晶石，以及以此为目标而出现的谜样机械兵器共鸣拓发者为了迅速对应日后被称为圣遗晶石事件的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——机动六课……