故事中主角松风天马及雷门足球社的伙伴们，参加了神圣之道的竞赛，在进行决定中学足球第一名赛事的同时，暗中也进行着决定下一届圣帝的大会，但无视于胜败命令的雷门足球社，用尽全力的在进行比赛而在本次的电影作品中，雷门足球社收到了必需参加强化合宿的命令……天马等人于是被带到了一个被自然包围着的神秘岛屿，而其实这里是一个能够产生种子选手的岛－－神之伊甸（ゴッドエデン）出现在他们面前的，就是有着究极之光与究极之闇的球队，无限光明队与远古黑暗队，面对强大的敌人，雷门足球社将全力迎战……