2009年4月10年前因事故而失去双亲而由亲戚养育的主角，因为家庭的事情而转校到小中一条龙学校私立月光馆学园的高中部中在入住学生宿舍后不久，他就被奇形怪状的怪物影袭击，令隐藏在他体内Persona的能力苏醒因为这个契机，主角被迫知道这个被掩盖的世界真实的一端