某黑客一手策划了囚犯越狱事件，谁知幕后操纵者镝木彻竟死于非命，尸体更被烧的焦黑令人难以置信的是，科学搜查班(ST)的实际领导者赤城左门作为嫌疑人遭到逮捕审讯过程中，赤城坦然认罪，他指控镝木犯下了不可饶恕的罪行才引来如此杀身之祸失去了领导者的科学搜查班，此刻面临解散的命运未过多久，赤城从拘留所中逃脱。警方为了抓住他重新召集了青山翔、结城翠、黑崎勇治、山吹才藏等人。怪胎云集的ST班在极其关键的时刻讽刺般地重组，赤城曾经一手率领的最强团队而今变成了最大的敌人。 　　短暂而又漫长的两天后，百合根友久作为ST的负责人参与到调查中来，不过他自始至终相信赤城是被冤枉的。经过缜密和耐心地调查，百合根终于根据电脑病毒的线索查到了神秘美女堂岛菜绪美，可是早有人捷足先登将菜绪美劫持。百合根被迫与菜绪美的女儿小椿联手，持续追查赤城的下落。 　　在毫无征兆的一天，赤城再度现身，并被警方团团包围。全速奔走的百合根等人能否窥见赤城最真实的一面？而一切迷团背后的真相何时能浮出水面？