夜神月利用死亡笔记制裁了大量犯罪者，街头巷尾传说这是救世主“基拉”所为，许多人成了“基拉”的信徒为了逮捕连续杀人犯“基拉”，天才侦探L来到日本进行调查，与月展开了一系列交锋。自称正义化身的月渐渐失控，他设计杀死前来追查的FBI探员，并利用女朋友的死成功进入调查小组。这时，人间出现了第二本死亡笔记。“基拉”的崇拜者弥海砂得到了这本笔记，并用自己的一半寿命从死神雷姆那里换得了“死神之眼”，获得了一眼看穿人类名字的能力。海砂作为“第二基拉”展开了打击罪恶的行动。另一方面，L认定月就是“基拉”，却始终无法抓住他的把柄。而月一边假意协同L调查，一边操纵海砂铲除障碍。同时，当事态呈胶着状态时，新闻播报员高田清美偶然间得知了死亡笔记的内幕，她又成了“第三基拉”。两个死神，两本“死亡笔记”，三个Killer，一切扑朔迷离。死亡笔记的规则被公布于众，两个天才的头脑斗智也在一个一个预想之外的事件中展开。