小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！