平凡的小学三年生高町奈叶，发现从异世界米得基鲁达来的尤诺·斯克莱亚受伤而倒下他来到这个世界的理由，是因为他挖掘到太古遗产(平行次元中存在的高度科技的文明的遗产)宝石之源分散到这个世界知道了这个情况的高町奈叶，成为与尤诺一起收集宝石之源然后封印的魔法少女，最终在时空管理局里工作